นายสุเทพ อัตถากร เคยเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร กรุงเทพมหานคร สังกัดพรรคพลังธรรม ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2531 ต่อมาในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2544 ได้ย้ายมาลงสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรแบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคความหวังใหม่[1]

สุเทพ อัตถากร เคยได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีว่าการทบวงมหาวิทยาลัย ในรัฐบาลนายชวน หลีกภัย (ชวน 1) เมื่อปี พ.ศ. 2535[2]

สุเทพ อัตถากร เคยเข้าร่วมการชุมนุมทางการเมืองกับกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย (พธม.) ซึ่งเคยขึ้นเวทีปราศรัยของกลุ่มดังกล่าว[3]